Créée en 1986 par Paul-Claude Carli, alors conseiller pédagogique du lycée Djignabo, l’Alliance est tout d’abord installée dans une maison louée. Des cours y sont dispensés et la bibliothèque qui y est établie attire déjà un large public scolaire.
En novembre 1994, débutent enfin les travaux de construction des nouveaux locaux sur le terrain de l’ancienne gare routière, un terrain de 5 600 mètres carrés. Ils seront financés par l’Ambassade de France. Le projet est ambitieux : un théâtre de verdure de 500 places, des salles de classes, une grande bibliothèque, une salle polyvalente, une cafétéria, un jardin botanique…
Le 22 janvier 1999, la nouvelle Alliance est inaugurée par le Président de la République du Sénégal, Abdou Diouf, en présence de l’Ambassadeur de France, André Lewin.
En 2003, deux nouvelles salles de classe seront construites dans les jardins pour faire face à l’augmentation du nombre d’étudiants.
En 2007, l’Alliance se dote d’un espace d’exposition, la galerie ZigZag, financée par Eiffage Sénégal. L’artiste Mauro Petroni en signe les céramiques.
En 2014, Eiffage Sénégal finance la construction de la Maison des Artistes et s’allie de nouveau à l’artiste Mauro Petroni pour les décorations en céramique.
En 2020, une petite scène est construite dans l’espace du restaurant pour permettre la présentation de petites formes du spectacle vivant, d’enregistrements d’émissions radiophoniques ou de TV, de projections de séances de cinéma en soirée, …
Le 12 novembre 2021, après 8 mois d’une rénovation importante de l’espace dit de la cafétéria, le restaurant les Jardins de l’Alliance ré-ouvre ses portes.
La cuisine y est organisée par le Chef Adrien Diédhiou qui officie également au Régal à Cap Skirring. Formé à la cuisine française, il travaille avec les produits locaux et favorise les producteurs casamançais. Sa carte propose des menus revisités, fusion de plats français et sénégalais souvent « à la sauce casamançaise ».
En 2022, l’AF-LAB Ziguinchor est inauguré. C’est un projet de formation innovante de soutien à l’entreprenariat, à la création d’entreprise quel que soit le secteur d’activité, l’âge et le niveau d’études des postulants dans la zone Sud du Sénégal.